Nel 1282, soltanto due anni dopo la morte di S. Francesco, si iniziò con la costruzione di una basilica in onore del fondatore dell’ordine minore. La basilica venne ornata da affreschi dei più grandi artisti dell’epoca: Cimabue, Pietro Lorenzetti e Simone Martini.

Il ciclo di 28 affreschi nella basilica superiore, trattando la vita di S. Francesco, costituisce un punto di discussione. Per la mancanza di documenti, questi affreschi non sono attribuibili con certezza assoluta a Giotto. Visto i vincoli molto stretti che legano Giotto all’arte di Cimabue, suo probabile maestro, i primi affreschi nella basilica superiore di Assisi sono, però, quasi universalmente riconosciuti a Giotto. Persistono in questi affreschi, e soprattutto nelle scene del Nuovo Testamento, tratti stilistici che discendono direttamente da Cimabue, ma con risultati nuovissimi: il lumeggiare forte e staccato delle pieghe e dei volti, i panneggi stirati.

Gli affreschi di Assisi rappresentano l'inizio dell'opera di Giotto. Il confronto con le pitture di poco precedenti di Cimabue nella stessa chiesa dà la misura della novità della visione giottesca, per l’apertura di spazio plasticamente evidente, intorno alle figure definite con gesti e attitudini moderne. Le scene più belle sono meno affollate: ad esempio S. Francesco che regge la Chiesa nel sogno d’Innocente III.